Le début des travaux :
Le 24 juin, le Maire et les invités officiels posent symboliquement la première brique de l'édifice nouveau. En janvier 1998, les travaux débutent sous la direction de l’architecte Jean-Paul Philippon choisi par le jury du concours international de concepteur ouvert en décembre 1993. L'ensemble du bâtiment est restauré pour accueillir les collections. Des salles d’expositions temporaires sont construites ainsi qu’une nouvelle aile le long du jardin de la piscine pour le parcours Beaux-Arts. L’accès au bâtiment est déplacé rue de l’Espérance.
Le dégagement des arcs de la voûte :
L’acier de la voûte était complètement rouillé à cause de l’atmosphère humide et chlorée qui régnait en permanence dans la piscine. Après avoir été dégagés, les arcs de la voûte sont consolidés par la reprise de leurs armatures.
La transformation du bassin :
A l’intérieur, au centre du bassin, une lame d’eau rappelle la vocation première du lieu. Sur ses bords, le jardin de sculptures. Cet espace central du musée a diverses utilisations : expositions, défilés de mode…

La restauration des grandes verrières :
Les tympans représentant le soleil levant et le soleil couchant, alors qu'ils sont situés sur un axe Nord-Sud, étant très dégradés, ils ont été restaurés avec de nouveaux verres sous la direction de Monsieur Brouard, maître verrier. De plus ils sont doublés d’une seconde verrière à l’intérieur qui permet de contrôler la climatisation.
Les cabines :
Autour du bassin, au rez-de-chaussée et au premier étage, les cabines dont on a réemployé les briques émaillées d’origine, sont converties en vitrines qui présentent des céramiques, des tissus, des bijoux, des dessins…
La toiture :
Une nouvelle couverture en inox plombé est posée. La voûte est doublée, elle est désormais creuse, ce qui favorise une meilleure acoustique et l’évacuation des fumées.
L’installation du portique restauré de Sandier en 2002 :
Le portique est restauré. Désormais, le bassin est conclu par ce monumental portique en grès émaillé polychrome conçu par Sandier pour la bibliothèque du pavillon français à l'Exposition Universelle de Gand, en 1913.